Giriş: CLIFT (Crithidia luciliae immünofloresan test) pozitifliğinin sıklığını belirlemeyi, CLIFT’i ANA-IFA (anti-nükleer antikor-immünfloresan analizi), ANA-IB (immünblot) ve ELISA (enzim-bağlantılı immün analiz) ile kıyaslamayı ve SLE’de (sistemik lupus eritematozus) anti-dsDNA’yi saptamak için uygun yöntemi belirlemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntemler: 1 Ocak 2015 ile 1 Ocak 2016 arasında geriye dönük kesitsel bir çalışma gerçekleştirilmiştir. Öncelikle, CLIFT pozitif sonuçlara odaklandık, sonrasında CLIFT pozitif hastaların ANA-IFA, ELISA ve ANA-IB sonuçları incelendi ve laboratuvar yöntemleri SLE tanısı ile karşılaştırıldı. Hastaların demografik özellikleri hastane kayıtlarından elde edilmiştir. Bulgular: CLIFT analizi için, toplam 3242 serum çalışıldı ve bunların 72’si (%2,2) pozitifti. CLIFT pozitiflikleri (n=64; 57 kadın / 7 erkek) arasında ortalama yaş 41,96 (aralık, 11–82) ve %73’ü (n=47) SLE tanılıydı. ANA-IFA 61 olguda çalışıldı; periferik (n=1) ve homojen (n=35) örüntü 36’sında mevcuttu ve bu olguların %83’ü (n=30) SLE tanılıydı. Kırkaltı hastada ANA-IB çalışıldı; ve 30’unda dsDNA saptandı. Bunların %73’ü (n=22) SLE tanılı idi. Hastaların 25’inde ELISA metodu kullanıldı ve bunların 18’inde pozitiflik saptandı. %83’ü (n=15) SLE tanılıydı. İki yönlü korelasyonlarda, CLIFT pozitifliği (?2. derece), SLE tanısı ile güçlü korelasyon gösterdi (p=0.005, r [64]=0,92); SLE tanısını doğrulamada; CLIFT testi ANA-IFA ile ileri derecede ilişkili bulundu (p=0.003, r=0,85). Ayrıca SLE tanısını dışlamada; CLIFT ile ANA-IB güçlü korelasyon gösterdi (p=0.002, r=0,90). Sonuç: CLIFT, ELISA ve immünoblot tetkiklerinin yerini alamaz, fakat onların kullanımını azaltabilir. Sonuçta, CLIFT ve ANA-IFA’nın ilk basamak görüntülemede; ANA-IB ve ELISA’nın ise doğrulama ve tanımlamada kullanımını önermekteyiz.

Introduction: We aimed to analyze the positivity of Crithidia luciliae immunofluorescence tests (CLIFT), to compare CLIFT with ANA-IFA (antinuclear antibody–immunofluorescence assay), ANA-IB (immunoblot), and ELISA (enzyme-linked immunoassays), and to determine the relevant method to test anti-dsDNA in systemic lupus erythematosus (SLE). Materials and Methods: We conducted a retrospective, cross-sectional study between January 1st, 2015 and January 1st, 2016. We focused on the positive CLIFT results firstly, then, we compared the ANA-IFA, ELISA, and ANA-IB results to diagnose SLE. Demographic features were obtained from the hospital records. Results: To analyse CLIFT, 3242 seras were tested, and 72 (2.2%) were positive. Among CLIFT positivity [n=64; 57 female, 7 male (mean, range; 41.96, 11–82)]; 73% (n=47) had SLE. Out of 61 patients were analyzed by ANAIFA, 36 had peripheral (n=1) and homogenous (n=35) patterns; 83% (n=30) had SLE. Out of 46 patients were analyzed by ANA-IB, 30 had dsDNA; 73% (n=22) had SLE. Out of 25 patients who were analyzed by ELISA, 18 had dsDNA; 83% (n=15) had SLE. In the two-sided correlations, CLIFT positivity (?grade 2) was found to be statistically significantly associated with having SLE (p=0.005, r [64]=0.92); CLIFT positivity was also statistically significantly associated with ANA-IFA (p=0.003, r=0.85). In order to exclude SLE diagnosis, CLIFT positivity was statistically significantly correlated with ANA-IB (p=0.002, r=0.90). Conclusion: CLIFT can not be used instead of ELISA and ANA-IB, but it can reduce their usage. We recommend to use CLIFT and ANA-IFA for first-line screening; and ANA-IB and ELISA for confirmation and identification of dsDNA.

Giriş: Allojeneik kan transfüzyonunun (AKT) alıcıda neden olduğu bazı immünolojik değişikliklere transfüzyonla ilişkili immunomodülasyon (TRIM) adı verilmektedir. Bu değişikliklerin mekanizması tam olarak bilinmese de, AKT’nin alıcının mononülear kan hücrelerindeki CD4/CD8 ifadesi oranında azalmaya yol açtığına inanılmaktadır. Bu çalışmada depolanan eritrosit süspansiyonlarından elde edilen mononükleer hücrelerdeki (ES) CD4/CD8 ifadesi oranını belirlemek ve TRIM mekanizmalarına yönelik yeni bilgiler edinmek amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmamızda kullanılan tam kanlar sağlıklı 10 gönüllüden elde edilmiştir. Bu tam kanlardan elde edilen ES’ler eşit üç parçaya bölünmüş ve ES’lerin 0, 21 ve 42. raf günlerine yönelik test örnekleri bu parçalardan elde edilmiştir. Test örneklerdeki CD3, CD4 ve CD8 yüzey belirteçleri akan hücre ölçer yardımıyla incelenmiştir. Bulgular: Verilerimiz ES’lerin depolanma günlerine gore değerlendirilmiştir. Sıfırıncı gün örneklerine göre 21. gün örneklerinde CD3 (p=0,001), CD4 (p<0,001), CD8 (p=0,012) ifade eden hücrelerde ve yardımcı T hücrelerinde görülen azalma (p<0,001); 42. gün örneklerinde CD4 (p=0,035) ve CD8 (p=0,017) eksprese eden hücrelerde görülen azalma; 21. gün örneklerine göre 42. gün örneklerinde CD3 (p=0,027) ifade eden hücrelerde görülen artış istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamızda ES’ler içerisinde CD4+/CD8+ hücre oranında istatistiksel olarak anlamlı bir değişiklik saptanmamıştır. Bu konuda daha kapsamlı bilgiye sahip olmak için daha detaylı çalışmalara ihtiyaç vardır.

Introduction: Some immunologic changes in the recipient derived by allogeneic blood transfusion (ABT) are called Transfusion Related Immune Modulation (TRIM). Despite the exact mechanisms of these changes are not known, it is thought that ABT causes a decrease of CD4/CD8 ratio in the recipient. This study aimed to determine the CD4/CD8 ratio in stored erythrocyte suspensions (ES) and to obtain new information about TRIM mechanisms. Materials and Methods: Whole blood components used in our study were collected from 10 healthy volunteers. ES’ obtained from whole blood were divided into three equal aliquots. Test samples which were related to 0th, 21st and 42nd storage days were prepared from these aliquots. CD3, CD4 and CD8 surface markers in peripheral blood mononuclear cells were investigated with flow-cytometer in these test samples. Results: Our data were evaluated according to storage days. Decrease of CD3 (p=0,001), CD4 (p<0,001), CD8 (p=0,012) expressing mononuclear blood cells and helper T cells in 21st-day samples, CD4 (p=0,035) and CD8 (p=0,017) expressing cells in 42nd-day samples compared to Day 0 samples and increase of CD3 (p=0,027) expressing cells in 42nd-day samples compared to 21st-day samples were found statistically significant. Conclusion: In our study, we did not find any significant change in the ratio of CD4+/CD8+ cells in ES. Detailed studies can help us to obtain more comprehensive knowledge on this field.

Giriş: İnterferon a antiviral ve antineoplastik etkileri olan bir tip 1 interferon molekülüdür. İnterferon a ayrıca üveit tedavisinde de kullanılmakta olup, bu tedavinin immünomodulatuvar etkisi olduğu düşünülmektedir. Interferon a-2a tedavisinin bu hastalarda regülatör T hücrelerini arttırdığı bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı interferon a-2a tedavisinin üveit hastalarında monosit alt grupları üzerindeki etkisini tanımlamaktır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya üveiti olan 6 hasta ile 7 sağlıklı gönüllü dahil edildi. Üveit hastalarından kan örnekleri interferon a-2a tedavisine başlanılmadan önce ve tedavinin 1. ayında (veya klinik remisyon sonrasında) alındı. Periferik kan mononükleer hücreleri anti-CD16, anti-CD14, anti-PD-1, anti-CTLA-4, anti-LAG-3, anti-TIM-3 ve anti-TIGIT antikorları ile boyandı ve akan hücre ölçer ile analiz edildi. Veriler FlowJo yazılımı ile değerlendirildi ve istatistiksel analiz için SPSS 21.0 yazılımı kullanıldı. Bulgular: Üveiti olan 6 hasta (5 Behçet, 1 Eales hastalığı, yaş ortalaması: 29.0 ±3.8 yıl, 4 erkek, 2 kadın) ile 7 sağlıklı kontrol (ortalama yaş: 28.4 ±4.9 yıl, 3 erkek, 4 kadın) çalışmaya katıldı. Aktif üveiti olan hastalarda sağlıklı bireylere kıyasla CD14+CD16- klasik monosit alt grubu artmış ve CD16+ klasik olmayan monosit alt grubu ise azalmıştı (p=0.037 ve p=0.045), ancak bu fark interferon a-2a tedavisi ardından kayboldu. Başlangıçta gruplar arasında immün kontrol noktası reseptörü ekspresyonu açısından anlamlı fark yoktu. İnterferon a-2a tedavisi ardından PD-1 ekspresyonu anlamlı olarak artış gösterdi (p=0.01). Sonuç: İnterferon a-2a tedavisi klasik olmayan monosit alt grubunu ve monositlerin yüzeyinde PD-1 ifadesini artırmıştır. Monositlerde tespit edilen bu değişimler interferon alfa-2a tedavisinin üveit hastalarındaki immünomodulatuvar etkisi ile ilişkili olabilir.

Introduction: Interferon a is a type-I interferon molecule with antiviral and antineoplastic properties. Interferon a treatment is also used in the management of uveitis and believed to have immunomodulatory properties demonstrated by increased number of regulatory T cells. The aim of this study was to define the influence of interferon a-2a treatment on monocyte subsets in patients with uveitis. Materials and Methods: Six patients with uveitis and 7 healthy control subjects were included in this study. Blood samples were obtained from the uveitis patients before treatment with interferon a-2a and at the 1st month of treatment (or at clinical remission). Peripheral blood mononuclear cells were stained with anti-CD16, anti-CD14, anti-PD-1, anti-CTLA-4, anti-LAG-3, anti-TIM-3 and anti-TIGIT antibodies and analyzed with flow cytometry. Data were analyzed with FlowJo software and statistical analysis was performed with SPSS 21.0 software. Results: Six patients with uveitis (5 Behçet’s, 1 Eales disease, mean age: 29.0±3.8 years, 4 male, 2 female) and 7 healthy control subjects (mean age: 28.4±4.9 years, 3 male, 4 female) were included. The number of CD14+CD16- classical monocytes were increased and CD16+ non-classical monocytes were decreased in patients with active uveitis compared to controls (p=0.037 and p=0.045) and this difference disappeared after treatment with interferon a-2a. There was no difference in immune checkpoint receptor expressions between groups at baseline. PD-1 expression increased significantly after interferon a-2a treatment (p=0.01). Conclusion: Interferon a-2a treatment increases the ratio of non-classical monocytes and their expression of PD-1. These changes may be associated with the previously demonstrated immunomodulatory effects of interferon a-2a in patients with uveitis.

Giriş: Makrofajlar, allogreftlerin reddedilmesinde görevi olduğu iyi bilinen ve greft etrafındaki infiltratta bulunan hücrelerdir, ancak, buradaki görevleri tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmadaki amaç, cilt grefti reddinde, makrofajları yok etmenin rolünü araştırmaktır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmada, alıcı farelerde makrofajları yok etmek için cilt grefti reddedilinceye kadar cilt naklinden önce ve sonra klodronat lipozomları verildi. Sadece sınıf II doku uyumluluk kompleksi (DUK) olmayan veya bir den fazla minör uyumsuzluğu olan C57BL/6 ve CD8 geni iptal edilmiş farelerde deri allograft rejeksiyonu karşılaştırıldı. Bulgular: Tam DUK uyumsuzluğu olan C57/BL6 farelerdeki greftlerde klodronat lipozomları deri grefti yaşam süresini 12.0±0.3 güne, (P=0.0351), CD8 İE farelerde ise 14±0.3 güne (p=0.0007) çıkardı. Birden fazla minör doku uyumsuzluğu bulunan BALB/B farelerde ise klodronat lipozomları C57/BL6 farelerinde deri grefti yaşam süresini 13.2±0.4 güne, (P=0.0055), CD8 İE farelerde ise 14.4±0.4 güne (p=0.0042) artırdı. Bununla birlikte, klodronat lipozomları, ne C57/BL6 ne de CD8 geni İE farelerde II.Sınıf DUK uyumsuzluğu olan bm12 deri greftlerinin yaşam süresini değiştirmedi. Lipozom verilmiş farelere nakledilmiş ve doku reddine uğramış greftlerde makrofajların belirgin olarak azalmış olduğu saptandı. Sonuç: Klodronat lipozomları, deri greftlerinin yaşam sürelerini artırır. Böylece, makrofajların deri greftlerinin reddinde önemli olan ancak vazgeçilmez olmayan bir rolleri olduğunu belirtmek mümkündür.

Introduction: Macrophages are a well-recognized cells of the cellular infiltrate within allograft rejection, but their role has not yet been fully addressed. This study was aimed to examine the effect of macrophage depletion on skin allograft rejection. Materials and Methods: Macrophages were depleted in recipient mice by injection of clodronate liposomes before and after skin transplantation till the day of rejection. Skin allograft rejection in C57BL/6 and CD8 knockout (KO) mice across full or class II major histocompatibility complex (MHC) antigens or multiple minor mismatches was compared. Results: In fully MHC-mismatched grafts, clodronate liposomes treatment prolonged BALB/c skin graft survival to 12.0±0.3 days in C57BL/6 mice (p=0.0351) and to14.0±0.3 days in CD8 KO mice (p=0.0007) versus untreated control. In multiple minor mismatched BALB/B skin grafts, clodronate liposomes treatment prolonged graft survival to 13.2±0.4 days in C57BL/6 mice (p=0.0055) and to 14.4±0.4 days in CD8 KO mice (p=0.0042). However, clodronate liposomes treatment did not improve class II mismatched bm12 skin grafts survival time either in C57BL/6 or CD8 KO mice Macrophages in rejecting grafts were markedly reduced in clodronate liposomes-treated mice in comparison with control. Conclusion: Clodronate liposomes prolonged skin allograft survival. Hence, macrophages may play an important but not essential role in skin allograft rejection.

Koronavirüs-19 (Kovid-19) salgını, insanlığın yeni bir virüse karşı kendini savunmada ne kadar aciz kaldığını apaçık ve acılı bir şekilde ortaya koydu. Bunun nedenleri; a) Halk sağlığını küresel salgınlardan korumak için önceden hazırlanmış, standart önlemlerin uygulanmaması ve b) insanın doğayı, evrimi ve “kendini” yeterince bilmediği için virüs salgınının karmaşıklığının anlaşılmamasıdır. Günümüzde, dünyada ve ülkemizde, korona virüsleriyle ilgili büyük bir bilgi çokluğu ve aceleciliğin getirdiği bilgi kirliliği sürmektedir. Onun için bu yazıda, hastalıktan korunma, tanı koyma, tedavi etme gibi günden güne değişen bilgiler üzerinde durmayacağım. Bu konularda sağlam bilimsel bilgilere ulaşmış değiliz. Onun için burada, korona virüsünün yükselen sesine kulak vererek, evreni, evrimi ve kendimizi tanımaya çalışacağım; virüslerin ve mini-canlıların dünyayı nasıl idare ettiklerini ve bunların bağışıklığımızla ilişkileri üzerinde duracağım. Bağışıklık sistemine “sınırları denetleyen bir ordu” değil, vücudu koruyan bir “barış gönüllüsü” gözüyle bakmayı deneyeceğim. Böylece, yaşam hakkında oldukça birleştirilmiş bir bilgiye ulaşma cesareti göstermiş oluyorum; olası yanılgılarım hoş görüle. Umarım ki, korona virüsünün çıkardığı yüksek ses, insanoğlunun yeryüzündeki yaşamların birbirine bağımlılığını kavramasına ve böylece kapıda bekleyen –yeni küresel salgınlar, iklim bozulması ve yaşam çeşitliliğinin yok olması gibi– diğer krizlerden sakınılmasına yol açsın.

COVID-19 pandemic conspicuously and painfully demonstrated how fragile our societies are against novel viruses. The reasons for this are: a) Lack of application of standard intervention policies to improve public health during outbreaks, and b) lack of comprehensive understanding of the complexities of viral outbreaks because of lack of knowledge about natural world, evolution and “self ”. At present, both in the whole world and in our country, there exist a shortness of true scientific knowledge and abundance of pseudo-scientific knowledge which is brought by a sense of urgency. For these reasons, in this article I will not elaborate on the diagnosis, therapy of COVID-19 which changes almost daily. We have not reached solid scientific information on these issues. Instead, by listening the loud voice of COVID-19, I will try to understand the universe, evolution, and human beings; focus on how the viruses and microorganisms rule the world, and how do they interact with our immune system. I will also entertain the idea that immune system might be a peace keeping force rather than regular army. I hope to be forgiven for the misapprehensions that comes with the courage of proposing a “somewhat unified knowledge” about life. In the end, I hope that the loud voice of coronavirus will help the humanity to understand the viruses, evolution, and interconnectedness of whole life on earth so that awaiting future crises –such as new pandemics, climate breakdown and biodiversity– can be mitigated.

Severe Acute Respiratory Syndrome Corona Virus-2 (SARS-CoV-2) virüsünün neden olduğu Şiddetli Akut Solunum Sendromu ve COVID-19 pandemisi halen sınır tanımadan büyük zararlar vermektedir. Virüsün hastalığa nasıl neden olduğunu anlayabilmek için moleküler biyolojisini daha detaylı çalışmak gerekmektedir. Daha önceki koronavirüs salgınlarına neden olan farklı virüslerin kullandığı moleküler stratejiler hakkında pek çok bilgi bulunmakta ve bu bilgiler doğrudan SARS-CoV-2’yi anlamamıza yardım etmektedir. Bu derlemede SARS-CoV-2 yaşam döngüsüne özel mekanizmaları özetleyerek bu ve benzer virüslerin enfekte ettikleri hücrelerdeki biyokimya ile nasıl etkileşime girdiklerini açıkladık. Değişik virüslerin kullandıkları mekanizmaları da özetleyerek koronavirüslerin daha iyi anlaşılmasına neden olacak bilgileri derledik. Özellikle çok çalışılmış bir retrovirüs model sistemi olan İnsan Bağışıklık Yetmezliği Virüsünün (İBYV) yaşam döngüsü ile koronavirüslerinkini karşılaştırmalı olarak analiz ettik. Bu derlemede koronavirüslerin genomik, transkripsiyon ve translasyon mekanizmalarını açıkladık ve tedavi hedefi olarak kullanılabilecek protein yapıları ve aktivitelerini detaylı bir şekilde irdeledik.

The Severe Acute Respiratory Syndrome Corona Virus-2 (SARS-CoV-2) has resulted in the COVID-19 pandemic, which is currently wreaking havoc in human societies. To understand how this virus causes disease, the molecular biology of the virus needs to be studied in more detail. There is a large body of work on the molecular strategies of previous coronaviruses that infected humans, which can be directly applied to SARS-CoV-2. In the current review we highlight the novel aspects of the SARS-CoV-2 coronavirus life cycle, and how this and other viruses interact with the biochemistry of the host organism. We provide a discussion of different types of viruses as a background to understand coronaviruses. Specifically, we compare the life cycles of coronaviruses with that of a model retrovirus, the Human Immunodeficiency Virus (HIV). We describe the genomic, transcription and translation control features of coronaviruses with a focus on protein structures and activities that can be selected as molecular targets of therapy.

Poliserozit seröz membranlara karşı oluşan genel yangı ile birlikte oluşan efüzyondur. Bu olgu sunumunda bir serozal yangı nedeni bulunmayan, ılımlı kronik trombositopenisi olan 41 yaşındaki kadın hastada gelişen poliserozitin, var olan Helicobacter pylori enfeksiyonunun tedavisinden sonra tam bir klinik iyileşme gösteren vaka sunuldu. Bu sunumda, serozit dışında, Helicobacter pylori enfeksiyonunun bağışıklık sistemindeki etkileri de tartışıldı. Bu olgu sunumu, bilgilerimize göre, Helicobacter pylori enfeksiyonunun neden olduğu gösterilen ilk serozaya karşı yangı makalesidir ve buradaki bulgular Helicobacter pylori enfeksiyonunun bağışıklık sisteminde meydana getirdikleri ile ilgili bilgilerimizi artırmaktadır.

Polyserositis is the general inflammation of serous membranes with associated effusion. Except for tuberculosis and coxsackie virus, infections are a very rare cause of polyserositis. We describe a case of a 41-year-old woman with chronic mild thrombocytopenia that presented with polyserositis and whose investigation was negative for common causes of serosal inflammation, showing great clinical improvement after Helicobacter pylori eradication therapy. Besides serositis, we also discuss other immunological manifestations of Helicobacter pylori infection. To our knowledge, this is the first case that establishes Helicobacter pylori as a potential cause of serosal inflammation, thus expanding immunological manifestations of Helicobacter pylori infection.

T hücreli büyük granüler lenfositik lösemi (T-LGL), kronik bir seyri olan, otoimmün belirtiler, otoantikorlar, sitopeniler ve dolaşımdaki sitotoksik T lenfositleri ile karakterize nadir bir hastalıktır. T-LGL lösemi genellikle hematolojik tutulum ve birlikte mevcut otoimmün ve/veya otoenflamatuvar durumlarla kendini gösterir. Behçet hastalığı (BH) tekrarlayan oral ve genital ülser, üveit, nörolojik tutulum, vaskülit ve artrit gibi diğer sistemik bulguları olan kronik bir enflamatuvar hastalıktır. BH’nin patogenezi hâlâ tam olarak anlaşılamamıştır. Ancak, Th1/Th2 dengesinin Th1 yolağına kayması ve Th17 polarizasyonu gösterilmiştir. Bu vaka sunumunda, BH ve T-LGL birlikteliği olan, literatürün ikinci ve üçüncü vakaları sunulmaktadır. Ek olarak, BH ve T-LGL arasında olası patogenetik ilişkinin hipotezi tartışılmıştır.

T-cell large granular lymphocytic leukemia (T-LGL) is a rare disorder, characterized by a chronic course, autoimmune manifestations and autoantibodies, cytopenias and circulating cytotoxic T-lymphocytes. T-LGL leukemia usually manifests with hematological involvement and co-existing autoimmune and/or autoinflammatory conditions. Behçet’s disease (BD) is a chronic inflammatory disorder with recurrent oral and genital ulcers, uveitis, other systemic findings such as neurologic involvement, vasculitis and arthritis. Pathogenesis of BD is still poorly understood. However, a polarization of the Th1/Th2 immune response toward the Th1 pathway, and Th17 involvement have been shown. Herein, we present two cases of T-LGL co-existing with BD, second and third cases in the literature. We review, discuss and hypothesize a possible pathogenetic association between BD and T-LGL.