Giriş: Kronik ishal (Kİ), tüm dünyada bebeklik çağında sık olarak görülen önemli bir hastalıktır. Anne sütünde olan ve kronik ishal gibi enflamatuar hastalıkları engelleyen maddelerin varlığı ve etkisi tam araştırılmamıştır. Çalışmada, interferon gamma (IFN-?), tümör nekroz edici faktör alfa (TNF-?) gibi yengı artırıcı özelliği olan sitokinler ile intelökin-4(IL-4) ve interlökin-13 (IL-13) gibi yangı engelleyici sitokinlerin Kİ’i olan ve olmayan hastalardaki düzeylerine bakıldı. Gereç ve Yöntemler: Anne sütü Kİ’li bebeği olan 45 anne ile, Kİ’’i ya da başka bir yangısal hastalığı olmayan bebeği bulunan ve kontrol grubunu oluşturacak 45 anneden süt örnekleri alındı. Bu alınan süt örneklerinden yangısal ve yangı-karşıtı sitokin düzeylerine ELISA tekniği ile bakıldı. Bulgular: IL-13 düzeyleri hasta grubunda kontrol grubundaki değerler ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı düzeyde düşük bulundu (p<0.001). Sonuç: Bulgulara göre Kİ’i bulunan bebeği olan annelerin sütlerinde kontrol grubuna göre daha düşük IL-13 ve daha yüksek IL-4 saptanmaktadır. Bu neden ile, anne sütünde saptanan ve yangı-karşıtı özellikleri olan IL-13 bebekleri, Kİ’a daha duyarlı hale getiriyor olabilir. Diğer yandan, sitokinler, Kİ olan bebeklerde bağışıklığı artırıyor olabilir.

Introduction: Chronic diarrhea (CD) is one of the major diseases frequently occur during infancy worldwide. The effects of various substances in breast milk on preventing inflammatory diseases such as chronic diarrhea are not fully elucidated. This study aimed to determine the concentration of inflammatory cytokines, including interferon-gamma (IFN-?) and tumor necrosis factor-alpha (TNF-?), and anti-inflammatory cytokines, including interleukin-4 (IL-4) and interleukin-13 (IL-13) through the mothers’ breast milk feeding the infants with and without CD. Material and Methods: Breast milk samples were obtained from 45 mothers feeding the infants with CD as the case group and 45 mothers feeding the healthy infants without CD (or any other inflammatory diseases) as the control group. The concentration of inflammatory and anti-inflammatory cytokines of breast milk was measured using ELISA technique. Results: The mean of IL-13 concentration was significantly reduced in the case group compared to the control group (p<0.001). Whereas the mean of IL-4 concentration was significantly increased in the CD group in comparison to the control group (p=0.001). Conclusion: The results indicated a lower IL-13 concentration and a higher IL-4 concentration in the mothers feeding the infants with CD. Therefore, low IL-13 as an anti-inflammatory cytokine in breast milk may be capable of predisposing the infants to CD. On the other hand, inflammatory cytokines may promote the immunity of infants with CD.

Giriş: Tüm hastalıkların tanısında olduğu gibi primer immün yetersizliklerde klinik bulguların tanımlanması çok önemlidir. Bu çalışmadaki amaç, Ukrayna’da Ternopil çevresindeki primer immün yetersizlikli hastaların klinik bulgularını ve bu bulguların özelliklerini tanımlayarak hastalıklara erkenden tanı koyulmasını kolaylaştırmak idi. Gereç ve Yöntemler: Bu prospektif ve geriye dönük çalışmada primer immün yetersizliği olan ve hastalıklarının başından beri takip edilen 36 hasta irdelendi. Prospektif irdeleme 26 hastada, 10 hastanın verileri ise tıbbi kayıtlar incelenerek geriye dönük olarak değerlendirildi. Bulgular: Birden fazla bağışıklık yetersizliği görülen Nijmegen kırılma sendromu, 22q11.2 silinme sendromu, ataksia telenjiektezya en sık kaydedilen hastalıklar olup, bunları sıklık olarak antikor eksiklikleri izledi. İlk belirtilerden tanıya kadar geçen süre 1-156 ay arasında idi ve bu değerlerin ortalaması 31.5 ay olarak hesaplandı. Hastaların %61.1’inde tekrarlayan bakteriyel solunum yolu enfeksiyonları saptanır iken %44.4 olguda ise tekrarlayan viral enfeksiyonlar bulunuyordu. Hastaların %25.0’inde cilt enfeksiyonları bildirildi. Allerji %11.1’inde, otoimmün hastalıklar %16.7 hastada saptanır iken bir hastada malignite görüldü. Sonuçlar: Primer bağışıklık yetersizliği hastalığı olan kişilerde enfeksiyonlar en sık görülen klinik durum idi. Bununla birlikte, hastalarda ayrıca otoimmün hastalıklar, allerjiler ve malignite de saptandı. Bu primer bağışıklık yetersizliği olan kişilerde bölgesel özellikler dikkate alınarak, hastalarda mikrosefali, ataksi, telenjiektazi ve doğumsal kalp hastalığı olup olmadığına dikkat edilmelidir. Lenfopeni ve özelliği olan dismorfik özellikler de yeni doğanlar ve bebeklerdeki muhtemel primer bağışıklık yetersizliğin erken tanısı için erken belirleyici olarak dikkat ile kaydedilmelidir.

Introduction: Defining clinical signs is very important for timely diagnosis of diseases, as well as primary immunodeficiencies (PID). The aim of our study was to identify manifestations and their specific features in the patients of Ternopil region, Ukraine, in order to improve early detection of primary immunodeficiencies. Materials and Methods: This retrospective and prospective study involved 36 patients with primary immunodeficiencies, whose clinical symptoms were followed up from the disease onset. A prospective analysis was performed for 26 patients, while retrospective analysis based on the review of medical records was conducted for 10 patients. Results: Combined immunodeficiencies with associated or syndromic features such as Nijmegen breakage syndrome, 22q11.2 deletion syndrome, ataxia-teleangiectasia, were diagnosed the most frequently and followed by antibody deficiencies. The mean delay from initial symptoms to diagnosis was 31.5 months, and ranging from one to 156 months. Recurrent bacterial respiratory tract infections were evidenced in 61.1% of patients, recurrent viral respiratory infections-in 44.4% of patients. Skin infections were reported in 25.0% of all cases. Allergies were present in 11.1% and autoimmune diseases in 16.7% of all patients; malignancy was revealed in one case. Conclusions: Infections were the most prominent clinical manisfestation PIDs, although more than 30% of the children have had PID manifestations accompanied by autoimmune disorders, allergies, or malignancies. Taking into account regional features of the PID incidence, more attention should be given to the clinical signs of microcephaly, ataxia, teleangiectasia and congenital heart defects in PID diagnosis. Lymphopenia and characteristic dysmorphic features are also warning signs for PID in the neonatal period and early infancy.

Giriş: Nadir genetik hastalıklar olarak ele alınan primer immün yetersizlikler (PİY), klinik spektrumu geniş, tanı ve tedavisi zor olan bir hastalık grubudur. Yeni nesil dizileme yöntemlerinin kullanımı ile birlikte, 300’den fazla gen PİY hastalığı ile ilişkilendirilmiştir ve PİY ilişkili yeni genler saptanmaya devam etmektedir. Ancak yeni nesil dizileme çalışmalarından elde edilen varyantlar her ne kadar kapsama alanı (coverage) yüksek, çeşitli veri bankalarında hastalık ilişkili olarak değerlendirilse de yeni varyantların hastalığın patojenik etmeni olup olmadığının değerlendirilmesinde protein ifadesinin araştırılması önem taşımaktadır. Western blot yöntemi, moleküler biyolojide hücre içi, hücre dışı proteinlerin dışsal uyaranlara karşı verdiği yanıtların araştırılmasında, protein ifadesinin var-yok, artmış-azalmış olarak değerlendirilmesinde, hücre spesifik protein izoformlarının belirlenmesinde ve özellikle genetik hastalıkların ortaya çıkışından sorumlu etkenlerden biri olan güdük proteinlerin belirlenmesinde kullanılan eski ve güvenilir bir yöntemdir. PİY hastalıklarından bilinen klinik fenotipin tanısında ve yeni bulunan varyantların hastalık ile ilişkisinin belirlenmesinde de kullanılabilecek güvenilir bir araçtır. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada kliniğimizde takip edilen PİY hastalarında STK4 varyantları tespit edilen 2 aileden 3 hasta ve ebeveynlerinde, LRBA varyantı tespit edilen 1 hasta ve kardeşinde, STK4 ve LRBA protein ifadeleri western blot yöntemi ile değerlendirilmiştir. Bulgular: Hasta bireylerde protein ifadelerinin olmadığı belirlendi. Sonuç: Western blot ile protein ifadeleri araştırılan hastalardaki yeni varyantların hastalıkla ilişkili patojenik varyantlar olduğu tespit edildi.

Introduction: Primary immunodeficiencies (PID) with extended clinical spectrum, evaluated in rare genetic disorders, are difficult to diagnose and treat. Utilization of the next generation sequencing more than 300 genes have been associated with PIDs and new genes are continued to be determined. Even though, variants identified by the next generation sequencing are described as pathogenic in silico, investigating their possible pathogenic roles by analysing protein expression is crucial in patients. Western blot method is an old and reliable method used in molecular biology to investigate the responses of intracellular and extracellular proteins to exogenous stimuli and evaluate protein expression as existing or lost, increased or decreased as well as determining cell-specific protein isoforms, and in particular truncated proteins responsible for occurrence of a disease. Material and Methods: In this study, STK4 and LRBA protein expressions were evaluated with western blot in three patients from two families having STK4 variants and one patient having LRBA variant from a family. Results: It was determined that protein expression was lost in patients. Conclusions: New variants were evaluated as pathogenic due to lose of protein expressions in patients.

Giriş: Solunum epitelinde tropizme neden olan Human metapneumovirus (hMPV), tüm akut solunum yolu enfeksiyonlarının (ARI) %5–10’una neden olur. Hastalar asemptomatik olabilir ve bazı hastalarda hafif üst solunum yolu semptomlarına, ciddi bronşiyolit veya zatürreye neden olabilir. Bununla birlikte, enfeksiyon için tanısal belirteçler hala tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışma, HMPV’nin nazal immün yanıtlar, mukozal immün yanıtlar, patoloji ve hastalıkların iyileşmesi üzerindeki etkisini göstermeyi amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntemler: Çalışma için 196 kişiden nasal sürüntü örnekleri alındı. Hastaların her birinden nazofarengeal sürüntü çubuğu kullanılarak viral tarama yapılması ve RT-PCR ile miktar tayini için bir ve sitokin tayini için de bir tane olmak üzere toplamda iki örnek alındı. İstatistiksel analizler için STATA 13 yazılımı kullanıldı. Kategorik değişkenler arasındaki ilişkilendirme testi Pearson’ın Chi Square testi kullanılarak, kategorik ve sürekli değişkenler arasındaki ilişkilendirme testi ANOVA testi ile yapıldı. Bulgular: hMPV prevalansı 28,34 ortalama hMPV BT ile %4 idi. HMPV için pozitif olan hastaların tümünün ortalama sitokin düzeyleri vardı: IL-2, 57,11 (IQR: 34,49–70–49), IL-4, 30,49 (IQR: 8,07–60,84), IL-8, 396,61 (IQR: 81,91)-530,71), IL-10, 26,98 (IQR: 7,55–42,65) ve IL-12-p70, 44,93 (IQR: 23,59–70,38). Sitokinler arasında pozitif bir ilişki gözlendi; IL-10 ve IL-12p70 p=0,0005, IL-2 ve IL-10 p=0,007, IL-2 ve IL-12p70 p=0,015 Sonuç: HMPV, bebeklerde önemli bir akut solunum yolu enfeksiyonuna yol açan etiyolojik faktör değildir. Bu çalışmada, HMPV’nin en fazla Th2 hücreleri uyardığı ve Th2 sitokinlerinin salınmasını gösterilmiştir.

Introduction: Human metapneumovirus (hMPV) with tropism for the respiratory tract epithelium, causes 5–10% of all acute respiratory tract infections (ARI). Patients may be asymptomatic, or exhibit mild upper respiratory tract symptoms or severe bronchiolitis and pneumonia. Determinative diagnostic markers for infection are not well elucidated. This study on nasal immune responses to hMPV aims to understand the mucosal immune responses to hMPV and its implication in disease resolution and pathology. Materials and Methods: A Hospital cross-sectional study design with 196 participants was adopted. Two nasal swabs for viral screening and quantification by RT-PCR and the second for quantification of the cytokines were obtained. Analysis was done using STATA version 13. The test for association between categorical variables was done using Pearson’s Chi Square test while the test for association between categorical and continuous variables was done using ANOVA test. Results: hMPV prevalence was 4% with mean hMPV cycle threshold value of 28.34. The entire sample of participants positive for hMPV had median cytokine levels: IL-2, 57.11 (IQR: 34.49–70–49), IL-4, 30.49 (IQR: 8.07–60.84), IL-8, 396.61 (IQR: 81.91–530.71), IL-10, 26.98 (IQR: 7.55–42.65), and IL-12-p70, 44.93 (IQR: 23.59–70.38). There was a positive association between cytokines; IL-10 and IL-12p70 p=0.0005, IL-2 and IL-10 p=0.007, IL-2 and IL-12p70 p=0.015 Conclusions: hMPV is not an important ARI etiological factor in infants, its infection induces cytokines with a Th2 bias.

İmmün-onkoloji’de (İO) gelişmeler kanserin standart tedavisini ve ilaç gelişimi platformunu değiştirmektedir. Bugün, pek çok kanser hastası için immün tedavi önemli bir tedavi seçimi olarak kabul edilmiştir. Fakat bununla beraber pek çok immün tedavi protokolü başlangıçta klinik bir yanıt göstermesine rağmen ileri kanser hastalarında hastalığın tekrarı olasılığını belirlemek ve mücadele etmek açısından hem doğal hem de kazanılmış direnci tanımlamak gerekmektedir. Tanı koyucu, koruyucu, hastalığın seyrini ve tedavinin etkinliğini ölçebilecek yüksek çıkımlı biyobelirteçleri geliştirmek bugün İO’nin en aktif safhasını oluşturmaktadır. Kanser ile immün yanıtın karmaşık yapısı İO’de koruyucu biyobelirteçlerin keşfi ve onaylanması açısından güçlükler ile birlikte gelmektedir ve kişiden kişiye değiştiği gibi farklı kanserler arasında da çeşitlilikler göstermektedir. Yeni biyobelirteç keşfi, hastaya özel biyobelirteç özelliğini hedefleyen yeni nesil dizileme ve bağışıklık hücresi ile kanser hücresindeki protein hedeflerini belirleyen ‘çoklu spasyal protein profilleme’ yaklaşımlarını içerir. Günümüzdeki teknoloji avantajları ve belirteç keşfindeki sürekli gelişmeler İO alanını hızla değiştirmekte, klinikte daha iyi tedavi yanıtlarını en etkin şekliyle elde etmemize yardımcı olmaktadır.

Advances in immuno-oncology (IO) are altering the standard care of cancer and drug development platforms. Immunotherapy has been approved as an important treatment option for patients of many cancer types. However, despite many immunotherapies produce initial clinical responses, most advanced cancer patients recur so that currently there is an urgent need to identify and counteract both the intrinsic resistance as well as acquired mechanisms. Developing high-throughput biomarkers to evaluate diagnostic, predictive, prognostic and therapeutic effects of newly developed drugs is the most dynamic phase in IO today. The complexity of cancer and the immune response comes with the setbacks on discovery and validation of predictive biomarkers for IO since it can differ vastly between people and cancer subtypes. Approaches for biomarker discovery includes next-generation gene expression profiling, which includes patient-level biomarker characterization, and multiplex spatial protein profiling to identify protein targets including immune and cancer cell markers. Technologic advantages and constant improvements in biomarker discovery change the IO landscape quickly, only to get better outcome in effective practices in the clinic.

The emergence and successful implementation of bioinformatics and computational technology in the different area of molecular biology has a positive impact on the scientists and researchers. Fast accessibility of computer and internet resources generated new possibilities to help the biological scientific community with the best of the previous knowledge to expand the possibilities in the area of immunology and vaccine designing. Many databases and tools with huge molecular level information are freely available to utilize in the outgoing research work. Thus, the article provides information about online resources, database and tools which could be helpful in vaccine designing.

The emergence and successful implementation of bioinformatics and computational technology in the different area of molecular biology has a positive impact on the scientists and researchers. Fast accessibility of computer and internet resources generated new possibilities to help the biological scientific community with the best of the previous knowledge to expand the possibilities in the area of immunology and vaccine designing. Many databases and tools with huge molecular level information are freely available to utilize in the outgoing research work. Thus, the article provides information about online resources, database and tools which could be helpful in vaccine designing.