ISSN 1301-109X | e-ISSN 2147-8325
Northwestern Medical Journal
The significance of Western Blot in Primary Immunodeficiencies: Examples from two families [Turk J Immunol]
Turk J Immunol. 2019; 7(3): 120-124 | DOI: 10.25002/tji.2019.1178

The significance of Western Blot in Primary Immunodeficiencies: Examples from two families

Sevil Oskay Halaçlı1, Deniz Çağdaş2, F. İlhan Tezcan2
1Hacettepe Üniversitesi, Çocuk Sağlığı Enstitüsü, Pediatrik Temel Bilimler Anabilim Dalı, Pediatrik İmmünoloji Bilim Dalı, Ankara
2Hacettepe Üniversitesi, Çocuk Hastalıkları Anabilim Dalı, Pediatrik İmmünoloji Bilim Dalı, Ankara

Introduction: Primary immunodeficiencies (PID) with extended clinical spectrum, evaluated in rare genetic disorders, are difficult to diagnose and treat. Utilization of the next generation sequencing more than 300 genes have been associated with PIDs and new genes are continued to be determined. Even though, variants identified by the next generation sequencing are described as pathogenic in silico, investigating their possible pathogenic roles by analysing protein expression is crucial in patients. Western blot method is an old and reliable method used in molecular biology to investigate the responses of intracellular and extracellular proteins to exogenous stimuli and evaluate protein expression as existing or lost, increased or decreased as well as determining cell-specific protein isoforms, and in particular truncated proteins responsible for occurrence of a disease. Material and Methods: In this study, STK4 and LRBA protein expressions were evaluated with western blot in three patients from two families having STK4 variants and one patient having LRBA variant from a family. Results: It was determined that protein expression was lost in patients. Conclusions: New variants were evaluated as pathogenic due to lose of protein expressions in patients.

Keywords: protein expression, western blot, pathogenic variant

Primer İmmün Yetersizliklerde Western Blot Yönteminin Önemi: İki Aile Olgusundan Örnekler

Sevil Oskay Halaçlı1, Deniz Çağdaş2, F. İlhan Tezcan2
1Hacettepe Üniversitesi, Çocuk Sağlığı Enstitüsü, Pediatrik Temel Bilimler Anabilim Dalı, Pediatrik İmmünoloji Bilim Dalı, Ankara
2Hacettepe Üniversitesi, Çocuk Hastalıkları Anabilim Dalı, Pediatrik İmmünoloji Bilim Dalı, Ankara

Giriş: Nadir genetik hastalıklar olarak ele alınan primer immün yetersizlikler (PİY), klinik spektrumu geniş, tanı ve tedavisi zor olan bir hastalık grubudur. Yeni nesil dizileme yöntemlerinin kullanımı ile birlikte, 300’den fazla gen PİY hastalığı ile ilişkilendirilmiştir ve PİY ilişkili yeni genler saptanmaya devam etmektedir. Ancak yeni nesil dizileme çalışmalarından elde edilen varyantlar her ne kadar kapsama alanı (coverage) yüksek, çeşitli veri bankalarında hastalık ilişkili olarak değerlendirilse de yeni varyantların hastalığın patojenik etmeni olup olmadığının değerlendirilmesinde protein ifadesinin araştırılması önem taşımaktadır. Western blot yöntemi, moleküler biyolojide hücre içi, hücre dışı proteinlerin dışsal uyaranlara karşı verdiği yanıtların araştırılmasında, protein ifadesinin var-yok, artmış-azalmış olarak değerlendirilmesinde, hücre spesifik protein izoformlarının belirlenmesinde ve özellikle genetik hastalıkların ortaya çıkışından sorumlu etkenlerden biri olan güdük proteinlerin belirlenmesinde kullanılan eski ve güvenilir bir yöntemdir. PİY hastalıklarından bilinen klinik fenotipin tanısında ve yeni bulunan varyantların hastalık ile ilişkisinin belirlenmesinde de kullanılabilecek güvenilir bir araçtır. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada kliniğimizde takip edilen PİY hastalarında STK4 varyantları tespit edilen 2 aileden 3 hasta ve ebeveynlerinde, LRBA varyantı tespit edilen 1 hasta ve kardeşinde, STK4 ve LRBA protein ifadeleri western blot yöntemi ile değerlendirilmiştir. Bulgular: Hasta bireylerde protein ifadelerinin olmadığı belirlendi. Sonuç: Western blot ile protein ifadeleri araştırılan hastalardaki yeni varyantların hastalıkla ilişkili patojenik varyantlar olduğu tespit edildi.

Anahtar Kelimeler: protein ifadesi, western blot, patojenik varyant

Sevil Oskay Halaçlı, Deniz Çağdaş, F. İlhan Tezcan. The significance of Western Blot in Primary Immunodeficiencies: Examples from two families. Turk J Immunol. 2019; 7(3): 120-124
Manuscript Language: Turkish
LookUs & Online Makale