ISSN 1301-109X | e-ISSN 2147-8325
Northwestern Medical Journal
Molecular Mimicry with Nsp11 Protein of SARS-CoV-2 in Individuals with HLA-B*15: 01 Allele [TJI]
TJI. 2021; 9(2): 95-104 | DOI: 10.5222/TJI.2021.58077

Molecular Mimicry with Nsp11 Protein of SARS-CoV-2 in Individuals with HLA-B*15: 01 Allele

Yekbun Adıgüzel
Department of Biophysics, School of Medicine, Altinbas University, Istanbul, Turkey

Objective: In our study, it was aimed to investigate the presence of peptides of the 13 amino acids-long non-structural protein 11 (Nsp11) of SARS-CoV-2 that may be associated with the higher risk of autoimmune reactions in individuals with certain HLA serotypes.
Materials and Methods: For this purpose, the binding affinities of Nsp11-derived peptides to 12 major histocompatibility complex (MHC) supertype representative human leukocyte antigen (HLA) alleles were predicted by NetMHCcons and NetCTLpan. Strongly binding or predicted epitope peptides were sought in human proteome by blastp. Whether the sequence containing the overlapping peptide had a strong binding affinity to the same HLA allele as the Nsp11 peptide was also checked.
Results: One of the Nsp11-derived peptides was predicted to be strongly bound to the HLA-B*15: 01 allele and the other to be the cytotoxic T lymphocyte (CTL) epitope that binds to the HLA-A*01: 01 allele. Alignment result with immunoglobulin heavy chain junction region (MOP92462.1) appeared on top within the blastp search results for peptides. A peptide of the sequence containing the overlapping peptide was predicted to be the CTL epitope that binds to the HLA-B*15: 01 allele.
Conclusion: The results indicate that individuals with the HLA-B*15: 01 allele may have a risk of autoimmune reactions from SARS-CoV-2 infection

Keywords: SARS-CoV-2, molecular mimicry, otoimmunity, human leukocyte antigen

HLA-B*15: 01 Alleline Sahip Bireylerde SARS-CoV-2’nin Nsp11 Proteini ile Moleküler Taklidi

Yekbun Adıgüzel
Altınbaş Üniversitesi Tıp Fakültesi, Biyoizik Anabilim Dalı, İstanbul

Amaç: Çalışmamızda SARS-CoV-2’nin 13 amino asit uzunluğundaki yapısal olmayan protein 11 (Nsp11) proteininin belirli HLA serotiplerine sahip bireylerde otoimmün üzerinden reaksiyon oluşturma riski taşıyabilecek peptitlerinin varlığının araştırılması hedeflenmiştir.
Gereç ve Yöntem: Bu amaçla, Nsp11 kaynaklı peptitlerin 12 insan lökosit antijeni (HLA) alleline bağlanma afiniteleri NetMHCcons ve NetCTLpan ile tahmin edildi. Kuvvetli bağlanan ya da epitop olarak tahmin edilen peptitler blastp ile insan proteomunda araştırıldı. Örtüşme bulunan peptidi içeren dizinin Nsp11 peptidi ile aynı HLA alleline kuvvetli bağlanması olup olmadığına aynı şekilde bakıldı.
Bulgular: Nsp11 kaynaklı peptitlerin birinin HLA-B*15: 01 alleline kuvvetli bağlandığı ve diğerinin HLA-A*01: 01 alleline bağlanan sitotoksik T lenfositi (CTL) epitopu olduğu tahmin edildi. Peptitlerin blastp arama sonuçlarında immünoglobülin ağır zincir birleşme bölgesi (MOP92462.1) ile örtüşme sonucu üst bölgede gözlendi. Örtüşen peptidi içeren diziye ait bir peptidin HLA-B*15: 01 alleline bağlanan CTL epitopu olduğu tahmin edildi.
Sonuç: Sonuçlar, HLA-B*15: 01 alleline sahip bireylerde SARS-CoV-2 enfeksiyonu otoimmün reaksiyon riskini artırabileceğini düşündürmektedir

Anahtar Kelimeler: SARS-CoV-2, moleküler taklit, otoimmünite, insan lökosit antijeni

Yekbun Adıgüzel. Molecular Mimicry with Nsp11 Protein of SARS-CoV-2 in Individuals with HLA-B*15: 01 Allele. TJI. 2021; 9(2): 95-104

Corresponding Author: Yekbun Adıgüzel, Türkiye
LookUs & Online Makale